Le 25 Juin 1944, le "Baya" quitte New London (Connecticut) pour Hawaii.

En Août 1944, le "Baya" arrive à Pearl Harbor.

À partir du 23 Août 1944 jusqu'au 25 Juillet 1945, il effectue cinq patrouilles de guerre qui le mènent dans le Sud de la Mer de Chine, le Golfe du Siam, en Mer de Java et en Mer des Philippines.

- Le 23 Août 1944 : départ pour la première patrouille.

- Le 07 Octobre 1944, il envoie par le fond un transport japonais en Mer de Chine Méridionale après un tir de six torpilles (deux touchent le but).

- Le 22 Octobre 1944, le "Baya" arrive à Freemantle (Australie) où il termine sa patrouille.

- Le 19 Novembre 1944, il quitte Freemantle et commence sa deuxième patrouille en Mer de Chine Méridionale.

- Le 17 Décembre 1944, le "Baya" tire six torpilles sur un transport japonais, toutes les torpilles le ratent.

- Le 12 Janvier 1945, il arrive à Freemantle où il termine sa deuxième patrouille.

- Le 04 Mars 1945, il tire six torpilles sur un convoi japonais en Mer de Chine Méridionale atteignant un transport et un pétrolier avec deux torpilles à chaque fois.

- Le 20 Mars 1945, il rapporte le naufrage d'un destroyer japonais en Mer de Chine Méridionale le touchant avec une torpille sur une salve de trois.

- Le 21 Mars 1945, le "Baya" lance trois torpilles sur un navire japonais en Mer de Chine Méridionale, toutes les torpilles le ratent.

- Le 02 Mai 1945, il tire six torpilles sur un navire japonais dans le Golfe de Siam, toutes les torpilles le ratent.

- Le 03 Mai 1945, le "Baya"  tire six torpilles sur un pétrolier japonais, toutes les torpilles le ratent.

- Le 13 Mai 1945, il attaque un convoi japonais en Mer de Chine Méridionale coulant trois navires les frappant avec sept torpilles sur dix tirées.

- Le 27 Juin 1945, il tire six torpilles sur un navire japonais en Mer de Chine Méridionale; toutes les torpilles le ratent.

- Le 30 Juin 1945, le "Baya" attaque plusieurs petits bateaux côtiers avec son canon de pont dans la Mer de Sulu.

- Le 16 Juillet 1945, il envoie par le fond un patrouilleur japonais, au large de Bornéo, le touchant de deux torpilles sur onze tirées.

- Le 20 Juillet 1945, il attaque un patrouilleur japonais avec son canon de pont.  (Pavillon de guerre).

L'U.S.S "Baya" quitte Subic Bay (Philippines) en Septembre 1945 et arrive à San Francisco le 24 Septembre 1945.

L'U.S.S. "Baya" a reçu  quatre 'Battle Star' pour son action pendant la Deuxième Guerre Mondiale.

Il entre alors en période d'inactivité et le 14 Mai 1946 il est mis en réserve à Mare Island Shipyard.